Togakure Ryu Ninpo (Škola skrivenih vrata )
Jedna od najstarijih škola ninjutsua. Nakon izgubljene bitke Nishina Yukihiro, potražio je spas u planinama i naišao na selo Togakushi na planini Togakure. Tamo je upoznao sveštenika po imenu So-o koji je bio pripadnik Shugendo religije čiji su se verski obredi sastojali od magije. Yukihiro je počeo da proučava Shugendo i ninjutsu. Togakure Ryuosnovao je Yukihirov sin, Daisuke koji je promenio ime u Daisuke Togakure. On je bio 1. Soke Togakure Ryua.Ova škola koristi niske i široke stavove sa snažnim udarcima. To je kompletan borbeni sistem, koji sadrži razne tehnike udaranja, poluga, bacanja, tehnike sa mačem, kopljem, kusarigamom (lancem i sečivom), pa i sa tajnim oružjima specifičnim za ovu školu, sanpo hiden. Iz Togakure Ryu-a dolazi Sakki test, ili test ubilačke namere, gde kandidat sedi okrenut leđima Sokeu koji ga bez najave napadne mačem, a kandidat treba da se izmakne. Škola se prenosila kroz vekove, pa je dr. Hatsumi njen 34. Soke.
Gyokko Ryu Koshijutsu (Škola tigra od dragulja)
Za ovu školu smatra se da ju je kreirala kineska princeza. Tehnike su u Japan donete iz Kine za vreme T’ang dinastije, a smatra se da ju je doneo kineski kaluđer po imenu Cho Gyokko. 1. Soke je bio Tozawa Hakuunsai, ali je školu prvi organizovao Sakagami Taro Kunishige, koji ju je usavršavao i upotrebljavao od 1532. do 1555. Škola je predana Momochi Sandayu, koji je u svoje vreme bio vrlo poznat ninja. Momochi familija ju je nakon dugogodišnje tradicije predala Toda familiji, tako da ju je Toda Shinryuken Masamitsu predao svom unuku Takamatsuu, a on svom učeniku Masaaki Hatsumiju, koji je njen 28. Soke. Gyokko Ryu upotrebljava kružne i brze pokrete bazirane na napadu na određene vitalne tačke, koshijutsu atemi waza. Takođe je kompletan borbeni sistem, koji upotrebljava tehnike goloruke borbe, tehnike sa raznim vrstama oružja kao što su mač, koplje, dugi štap i druga.
Kukishinden Ryu Happo Hikenjutsu (Škola tradicije 9 demonskih bogova)
Za ovu školu se takođe smatra da je potekla iz Kine i da je starija od perioda Kamakura, od kada postoje zapisi. Ime Kukishinden Ryu dao je car Go – Daigo, samuraju Yasushimaru Takazaneu, koji mu je pomogao u borbi, pa mu je car rekao da se borio kao devet demona (Kuki). Školu je sa svim njenim specifičnostima organizovao Izumo Kanja Yoshiteru.
Taj kompletan borbeni sistem koji sadrži goloruku borbu, veoma se oslanja na tehnike sa kopljem, kratkim i dugim štapom te naginatom, kao i na tehnike bacanja projektila, tehnike koje su se koristile na bojnom polju, ali i na strategiju, upotrebu vatre i vode, tehnike nevidljivosti i prerušavanja.
Četvrta generacija pod vodstvom Kuki Nagatoa, formulisala je u potpunosti Kukishin Ryu. Postoji nekoliko Ryu Ha – škola sa imenom Kukishin, međutim samo su neke od njih zadržale tradiciju ninja ratnika, dok su druge taj ratnički aspekt izgubile ili su se kroz vekove menjale. Dr Hatsumi je 28. Soke ove škole.
Shindenfudo Ryu Dakentaijutsu (Škola nepomičnog srca)
Osnivač ovog Ryua bio je Izumo Kanja Yoshiteru, ujedno i njen 1. Soke. On je prvo učio kineski Kempo boks. Neke od tih tehnika se i danas vide u ovoj školi, a bio je i Soke Kukishinden Ryua. Škola je specijalizovana za jutaijutsu i dakentaijutsu, odnosno tehnike bacanja i poluga, a i udaranja. Njen tajni princip je princip prirode. Dr. Hatsumi je 26. Soke ovog Ryua.
Gyokushin Ryu Ninpo Happo Hiken ( U prevodu: ” Škola srca od dragulja ” )
Osnivač Gyokushin škole i njen 1. Soke je Sasaki Goeman Teruyoshi, koji je takođe bio jedan od Sokea u Gyokko Ryu školi. Gyokushin Ryu sadrži razne tehnike Sutemi waze više je koncentrisan na veštinu i tehnike špijunaže, nego na borbenu stranu. Škola se pohađala u tajnosti a mešala se sa ostalim školama, koje su upotrebljavale ninjutsu. Dr. Hatsumi je 21. Soke Gyokushin Ryua.
Gyokushin Ryu Ninpo Happo Hiken (Škola srca od dragulja)
Osnivač Gyokushin škole i njen 1. Soke je Sasaki Goeman Teruyoshi, koji je takođe bio jedan od Sokea u Gyokko Ryu školi. Gyokushin Ryu sadrži razne tehnike Sutemi waze više je koncentrisan na veštinu i tehnike špijunaže, nego na borbenu stranu. Škola se pohađala u tajnosti a mešala se sa ostalim školama, koje su upotrebljavale ninjutsu. Dr. Hatsumi je 21. Soke Gyokushin Ryua.
Koto Ryu Koppojutsu (Škola obrušavajućeg tigra)
Koto Ryu je došao iz Kine, preko Koreje u Japan, a doneo ju je Kineski ratnik po imenu Chan Busho. To je bilo mnogo generacija pre nego što ju je dobio Sakagami Taro Kunishige, koji je bio 1. Soke. On ju je organizovao kao Ryu. Soke Gyokko Ryua Sogyokkan Ritsushi bio je takođe i Soke Koto Ryua, ali se ona podučavala odvojeno, a densho (tajne skripte) su davani odvojeno. Koto Ryu se više temelji na udarcima, koji se koriste se kratke distance sa brzim i usmerenim udarcima – koppo – kojim se udara i lome kosti. Koto Ryu ima jedninstvene tehnike kenjutsua (mačevanja), a dr Hatsumi je 18. Soke ove škole.
Takagi Yoshin Ryu Jutaijutsu (Škola visokog drveća probuđenog srca)
Osnivač ovog Ryu-a bio je Takagi Oriuemon Shigenobu, 1. Soke. Smatra se da je učenje škole započeo sveštenik iz Abe familije, koji je živio na Funagata planini, a zvao se Unryu. On je bio stručnjak za bojutsu (tehnike korišćenja dugog štapa), shurikenjutsu (tehnike bacanja oštrica), yarijutsu (tehnike sa kopljem), taijutsu ili tehnike goloruke borbe iz škole Amatsu Tatara Rinpo Hiden, ali takođe upotrebljavaju se i tehnike kodachijutsua (tehnike kratkog mača), hanbojutsua (tehnike kratkog štapa), tantojutsua (tehnike sa nožem), pa i toritsukejutsua. Školu je oko 1640. godine usavršio 1. Soke Takagi. U školi se koriste tehnike jutaijutsua i dakentaijutsua, i naglasak je na nekorištenju snage. U Takagi Yoshin Ryuu nalazimo tehnike iz kojih su se kasnije razvili judo i aikido. Učenje se u deli na šest nivoa, a dr Hatsumi je 17. Soke.
Gikan Ryu Koppojutsu (Škola istine, vernosti i pravde)
Osnivač škole i njen prvi Soke bio je Unryu Hangan Gikanbo, koji je živeo u vreme Yeiroku ere, oko 1558. godine. On je bio daimyo (veleposednik) Kawachi provincije. Spisi govore da je njegov udarac bio tako jak da je mogao sa rukom da slomi mač na dva dela. Takođe je bio i majstor hichojutsua i bacanja shurikena. Gikan Ryu sadrži mnogo specijalnih udaraca rukama, nogama i bacanja, kao i poseban sistem kretanja. Dr Hatsumi je 15.Soke Gikan Ryua.
Kumogakure Ryu Ninpo Happo Hiken (Škola sakrivanja u oblacima)
Kumogakure Ryu Ninjutsu je takođe jedan od kompletnih borilačkih sistema. 1. Soke i osnivač je bio Heinaizaemon Ienaga Iga. Tehnike borbe su slične tehnikama iz Togakure škole, pa se pretpostavlja da su se učenja ovih škola mešale. Kumogakure Ryu upotrebljava tehnike sa kopljem, mačem, a koriste se i oklopi, tzv. yoroi. Takođe postoje specifična oružja za tu školu kao npr. ippon sugi noburi. Dr Masaaki Hatsumi je 14. Soke navedenog Ryua.