Early Modern Edo ili Tokugawa period (1603 – 1867)

Ovo je bio period mira, i socijalnog napretka, nakon veoma dugog perioda ratovanja. Potreba za nindžama je smanjena, tradicija i učenja se tajno prenose. Postojao je još mali broj nindža klanova koji su bili protiv Shogunata i Hanzoa, ali pomeni polako nestaju.